ปลาร้าเป็นการถนอมอาหารแบบภูมิปัญญาท้องถิ่น เป็นแหล่งโปรตีนชั้นดีเทียบเท่ากับเนื้อสัตว์อื่นๆ สำหรับด้านโภชนาการข้อมูลจากกรมอนามัยพบว่า ปลาร้า 100 กรัม มีโปรตีนอยู่ถึง 15-20 กรัม และมีสารอาหารอื่นๆ เช่น ฟอสฟอรัส แคลเซียม วิตามินบี 1 วิตามินบี 2 และวิตามินเค ให้พลังงาน 148 กิโลแคลอรี มีสารอาหารประเภทโปรตีน 15.30 กรัม ไขมัน 8 กรัม คาร์โบไฮเดรต 3.90 กรัม เหล็ก 3.40 กรัม วิตามินบี1 เท่ากับ 0.02 กรัม วิตามินบี2 เท่ากับ 0.16 กรัม และไนอะซิน 0.80 กรัม
ความนัวเมื่อใส่ปลาร้าในเมนูอาหารต่างๆ ทำให้ปลาร้าเป็นอาหารหลักของหลายคน อย่างไรก็ตามกรมอนามัยได้ออกมาเตือนเป็นระยะว่าการใช้ปลาร้าในการปรุงอาหารนั้นต้องเลือกซื้อปลาร้าที่ต้มสุก สะอาด มีแหล่งผลิตที่เชื่อถือได้ ในกรณีที่ซื้อแบบบรรจุขวดควรดูเลขสารบบอาหาร (เลข อย.) หากซื้อแบบไม่บรรจุขวด ควรดูว่ามีสิ่งเจือปน สีและกลิ่นผิดแปลกจากที่เคยกินหรือไม่ โดยเลือกซื้อจากสถานที่จำหน่ายที่น่าเชื่อถือและคุ้นเคย และก่อนบริโภคทุกครั้งควรนำไปทำให้สุกโดยปรุงด้วยความร้อนที่อุณหภูมิ 90 องศาเซลเซียส นาน 5 นาที เพื่อลดความเสี่ยงพยาธิใบไม้ตับ
สำหรับผู้ประกอบการควรคำนึงถึงความสะอาดปลอดภัย เลือกวัตถุดิบหรือปลาที่มีคุณภาพ และมีระยะเวลาในการหมักที่เหมาะสม หากเป็นปลาส้มให้หมักนานมากกว่า 3 วัน ส่วนปลาร้าให้หมักนานมากกว่า 1 เดือนขึ้นไปโดยกระบวนการผลิต จะต้องมีเครื่องมือและเครื่องใช้ที่สะอาด มีมาตรฐาน และมาตรการป้องกันการปนเปื้อน น้ำที่ใช้ในการผลิตจะต้องมีคุณภาพน้ำดื่มตามมาตรฐานของกรมอนามัย สถานที่เก็บวัตถุดิบต้องสะอาดเป็นสัดส่วน มีการป้องกันการปนเปื้อน ส่วนผู้ปฏิบัติงานต้องมีสุขอนามัยดี
แม้ว่าปลาร้า คือแหล่งโปรตีนชั้นดีเมื่อเทียบเท่ากับเนื้อสัตว์อื่นๆ มีวิตามินแร่ธาตุหลายชนิด และยังเป็นแหล่งของโพรไบโอติกส์ แต่ควรกินในปริมาณที่เหมาะสม เพราะปลาร้าผ่านกระบวนการหมักด้วยเกลือ รำข้าว และถูกแต่งเติมส่วนผสม เพื่อเพิ่มรสชาติเฉพาะ เช่น กะปิ หรือเพิ่มปริมาณด้วยการใส่น้ำเกลือต้ม ดังนั้น การกินปลาร้ามากเกินไปเป็นระยะเวลานาน อาจทำให้ร่างกายเสี่ยงได้รับโซเดียมปริมาณสูง
โดยปลาร้าที่มาจากโรงงานจะมีโซเดียม 5,057 มิลลิกรัมต่อ 100 กรัม และจากตลาดจะมีโซเดียม 5,145 มิลลิกรัมต่อ 100 กรัม ปลาร้าส้มตำปรุงสำเร็จที่นิยมนำมาปรุงอาหาร มีโซเดียม 5,647 มิลลิกรัมต่อ 100 กรัม ขณะที่ปลาร้าสับแจ่วบอง มีโซเดียม 5,791 มิลลิกรัมต่อ 100 กรัม
ขณะที่องค์การอนามัยโลกกำหนดไว้ว่าใน 1 วัน ไม่ควรบริโภคโซเดียม เกิน 2,000 มิลลิกรัม หรือเทียบเท่าเกลือ 1 ช้อนชา หรือ 5 กรัม หรือเฉลี่ยไม่เกิน 600 มิลลิกรัมต่อมื้ออาหาร ดังนั้นไม่ควรบริโภคปลาร้ามากกว่า 2 ช้อนโต๊ะต่อวัน หากบริโภคเป็นประจำ หรือมากเกินไป ส่งผลให้เกิดโรคต่างๆ ตามมาได้ เช่น โรคหัวใจล้มเหลว หลอดเลือดสมอง ความดันโลหิตสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งโรคไตเรื้อรัง นอกจากปลาร้าแล้วก็ต้องควบคุมโซเดียมจากอาหารอื่นๆด้วย เช่น อาหารแปรรูป อาหารกึ่งสำเร็จรูป ขนมกรุบกรอบ อาหารหมักดอง แช่อิ่ม อาหารกระป๋อง
ทั้งนี้มีผลการศึกษาทางการแพทย์ที่แสดงให้เห็นว่า การลดบริโภคเกลือลงเหลือเพียง 3 กรัมต่อวัน ช่วยลดความดันโลหิต และป้องกันการเกิดโรคหัวใจและหลอดเลือดได้ดียิ่งขึ้น โดยเฉพาะกลุ่มผู้สูงอายุ ผู้ป่วยเบาหวาน ความดันโลหิตสูง ควรลดเหลือเพียง 3 ส่วน 4 ช้อนชาต่อวัน หรือไม่เกิน 1,500 มิลลิกรัม ป้องกันการเกิดโรคไตวายเรื้อรัง